従業員に対する通勤手当。「手当」とつくので給与等と同じように消費税不課税と思いがちですが、通勤手当は消費税の課税仕入となります。
通勤手当は所得税法の上で非課税の枠がありますがこの非課税の金額を超えている場合でも全額が課税仕入に該当します。（基通11-2-2）

類似の手当で「住居手当」がありますが、こちらは課税仕入に該当しません。
理由としては事業者の事業遂行上直接必要なものといえず、その所得の種類も給与等に該当するという理由から課税仕入には該当しないのです。
消費税の取り扱いにご注意ください。

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